- «грязь»
То есть чёрная заливка на скане не чёрная, а тёмно-серая. Белая не белая, а светло-серая. Основным методом исправления является левелирование, но и альтернативные варианты (кривые, например) тоже используются.
Возникает просто, потому что печать сканов не может быть идеальной (так же, как и сканирование...).

- артефакты
Если бы чёрный становился тёмно-серым, а белый - светло-серым равномерно, то проблем бы не было.
К сожалению, из-за несовершенства печати, низкого качества бумаги, текстуры бумаги, неправильной обработки и, конечно же, использования сжатия файлов по качеству (формат JPG) возникают артефакты. То есть отдельные пиксели более тёмные или более светлые, чем вся остальная заливка.
Чистка артефактов и грязи сопряжена с опасностью убить текстуры. На оригинальном рисунке мангака использует тёмно-серые и светло-серые цвета (точнее скринтоны, создающие иллюзию такого цвета). При чистке мы зачастую повреждаем такие текстуры.

- «потеря резкости»
Суть современных технологий сканирования такова, что рисунок всегда теряет часть резкости. Так же и с цифровыми фото, со всем. Кроме того, наиболее востребованный алгоритм уменьшения размера скана (бикубический) также уменьшает резкость.
Это этапы, на которых резкость будет потеряна непременно. Также потеря возможна при очистке скана (на стадии использования фильтров).
Резкость добавить просто. Сложнее точно понять, сколько резкости конкретному скану нужно. Тут вопрос вкуса. Но резкость почти всегда можно добавить.
Сопутствующей проблемой добавления резкости является некоторая постеризация и усиление муара.

- «постеризация».
Человеческий глаз способен уловить огромное количество оттенков.
Для серого - порядка двухсот. При левелировании, при индексировании, при некоторых других действиях происходит реальная постеризация скана. Она заключается в том, что используется не весь диапазон цветов (256), а лишь небольшое их количество. Это делается для уменьшения скана (при индексировании) и как следствие пересчёта скана при левелировании.
Проблемы начинаются, когда число цветов меньше нужного. То есть, когда скан теряет привлекательный внешний вид из-за использования слишком малого числа цветов.

- «растр»
Растр - это свойство печати. Растр есть данность. Но иногда его стоит подавлять, чтобы картинка выглядела более привлекательной, гладкой. По сути своей, офсетная печать предполагает специфическое формирование серого цвета. То есть краска используется только чёрная. Если нужен серый то краску наносят в виде точек круглой формы, причём расстояние между точками постоянно (лининатура), а вот диаметр точек отличается, чем больше диаметр - тем темнее, чем меньше - тем светлее. Точки чёрного цвета, бумага белого – человеческому глазу кажется, что цвет серый.
Для борьбы с растром существуют специальные плагины. Но в целом, для его удаление нужны сканы в высоком разрешении, сканы большого размера.

- «муар»
Сам по себе растр не столь важен, а вот его потомок - вещь заметная и трудно устранимая. Суть муара в интерференции – наложении. Например, представим, что шаг головки сканера непропорционален лининатуре скана.
https://u.to/eIeu
Это графический пример. Примерно так же работает муар и в Фотошопе, то есть отдельные участки скринтона становятся темнее, а некоторые светлее.
Муар трудно удалить, но необходимо не допускать его усиления. При неумелом добавлении резкости, изменении размера и т.д. муар может многократно усиливаться.

- повреждён скринтон
Зачастую скринтон выглядит «побитым». Не хватает кусочков текстур, какие-то части, ярче какие-то темнее. То есть скринтон неоднороден. Происходит это при печати и сканировании.
Основная проблема – такие скринтоны создают большие трудности при чистке скана.

- скан размыт
То есть не небольшая потеря резкости, а полное изменение внешнего вида.
Либо в результате использования фильтров, либо при плохом сканировании. Иногда это вынужденная мера (например чистка равок).

- восстановление подложки
Зачастую одна из самых сложных задач.